در دو دهه­ی اخیر میزان اثرات فاکتورهای مختلف استرس­زا از قبیل آلودگی­های بیولوژیکی و شیمیایی بر اجزای زیستی و غیرزیستی دریای خزر افزوده شده­است. هدف از مطالعه حاضر بررسی تغییرات الگوی ساختاری زئوپلانکتون در سال­های 89-1387 (حدود دو دهه پس از ورود عامل استرس­زای زیستی Mnemiopsis leidyi) و مقایسه آن با اطلاعات پیش از تهاجم شانه­دار یعنی به هنگام ثبات اکوسیستم (سال 1375) در حوزه ایرانی این دریا می­باشد. نمونه­برداری در اعماق 100-5 متر، طی چهار فصل (بهار، تابستان، پاییز و زمستان) و در هشت نیم خط (آستارا، انزلی، سفیدرود، تنکابن، نوشهر، بابلسر، امیراباد و ترکمن) از سال­های فوق صورت پذیرفت. نتایج نشان داد که تعداد کل گونه­ها در گروه­های هولوپلانکتون و مروپلانکتون 67 گونه بوده که 62 گونه آن در گروه هولوپلانکتون ثبت گردید. تعداد گونه در سال 1375، به ترتیب 9/3، 3/2و 4/3 برابر سال­های 1387، 1388و1389 بدست آمد. تعداد گونه­ها در گروه کلادوسرا در سال­های 89-1387 به ترتیب 6/9 ،6/3 و 2/7 برابر نسبت به سال 1375کاهش داشت که بیشترین میزان کاهش گونه در مقایسه با سایر گروه­های زئوپلانکتون (کوپه­پودا، روتیفرا، پروتوزوا و مروپلانکتون) بود. تراکم زئوپلانکتون نیز در سال­های 89-1387 حدود 5/1-1 برابر نسبت به سال 1375 کاهش نشان داد. در مجموع، به نظر می­رسد که دلایل چندانی بر بهبود شرایط اکوسیستم به سوی ثبات وجود نداشته­است، هر چند شواهدی از قبیل افزایش شاخص شانون در سال 1389 نسبت به سال­های 1387 و 1388 مشاهده شد.