در دو دهه­ی اخیر میزان فاکتورهای مختلف استرس‌زا از قبیل آلودگی­های بیولوژیکی و شیمیایی‌ بر دریای خزر افزوده‌ شده و بر اجزای زیستی و غیر زیستی آن اثر گذاشته­است. هدف از این مطالعه بررسی تغییرات الگوی ساختار فیتوپلانکتون در حوزه ایرانی این دریا، طی زمان قبل از اغتشاش (1375) و پس از اغتشاش (1387، 1388، 1389) بوده­است. نمونه‌برداری در طی چهار فصل (بهار، تابستان، پاییز و زمستان) و هشت نیم‌خط (آستارا، بندرانزلی، سفیدرود، تنکابن، نوشهر، بابلسر، امیرآباد و بندرترکمن) صورت پذیرفت. تعداد 1920 نمونه از لایه‌های مختلف اعماق 5، 10، 20، 50 و 100 متر برداشت گردید. نتایج نشان داد که تعداد کل گونه‌های شناسایی‌ شده در هشت شاخه فیتوپلانکتون 299 بوده که در هر یک از شاخه­های باسیلاروفیتا، پیروفیتا، سیانوفیتا، کلروفیتا، یوگلنافیتا، زانتوفیتا، کریزوفیتا و هاپتوفیتا به ترتیب 127، 37، 47، 63، 19، 3، 1 و 1 گونه ثبت گردید. تعداد گونه­های سال­های پس از اغتشاش بیش از دو برابر سال قبل از اغتشاش بوده و همچنین تراکم فیتوپلانکتون سال­های پس از اغتشاش 15-3 برابر سال قبل از اغتشاش گردید. بر اساس نتایج به‌ دست‌ آمده، جابجایی و بی‌نظمی بین سالی در شاخه­های غالب در هر فصل رخ داد. در مواردی نیز که جابجایی در شاخه­های غالب صورت نگرفت، جابجایی گونه‌های غالب در هر فصل صورت گرفت. نتیجه اینکه تاکنون، به دلایل افزایش شدید تراکم فیتوپلانکتون، وجود تغییرات عمده در جایگزینی گونه‌های غالب، افزایش گونه­های مضر و سمی، ناپدید شدن برخی گونه­های ساکن یا بومی و بروز شکوفایی­های مختلف جلبکی در سال­های مورد مطالعه نسبت به سال 1375 (سال ثبات و عدم اغتشاش اکوسیستم)، روند رو به بهبود در کیفیت اکوسیستم چندان قابل‌ مشاهده نبوده­است.