ماهی کلمه (Rutilus caspicus) یکی از گونه­های باارزش و بومی دریای خزر محسوب می­گردد که ذخایر آن طی سال­های اخیر کاهش قابل‌توجهی یافته است. بازسازی ذخایر این ماهی از طریق رهاسازی لاروهای تولیدشده در کارگاه تکثیر به طبیعت انجام می­گیرد. در تحقیق حاضر به ارزیابی و مقایسه ساختار ژنتیکی جمعیت­های کارگاهی (دو گروه وحشی و پرورشی) و طبیعی ماهی کلمه (رودخانه قره­سو، خلیج گرگان و تالاب گمیشان) با استفاده از ده جایگاه ریز ماهواره پرداخته شد. همه جایگاه­های مورداستفاده در تمامی نمونه­های موردبررسی چندشکلی نشان دادند. متوسط تعداد آلل­های مشاهده برای جمعیت­های کارگاهی و طبیعی به ترتیب 10 و 7/10 به دست آمد. همچنین متوسط هتروزیگوسیتی مشاهده‌شده و مورد انتظار در جمعیت­های موجود در کارگاه (63/0:Ho،823/0:He) کمی پایین­تر از جمعیت­های طبیعی (7/0:Ho،853/0:He) به دست آمد (05/0<P). در بررسی جمعیت­ها ازنظر انحراف از تعادل هاردی-وینبرگ، 32 مورد از 50 تست موردبررسی انحراف معنی­دار از تعادل نشان دادند که عمده دلیل آن را می­توان به کاهش هتروزیگوسیتی مشاهده‌شده نسبت داد. در این خصوص، کسری هتروزیگوسیتی بالا و ضریب درون آمیزی معنی­داری (002/0P≤) در برخی از جایگاه­های موردبررسی مشاهده شد که وجود آلل­های نول را می­توان به‌عنوان یکی از دلایل اصلی مطرح نمود. متوسط Fst و Rst به­عنوان شاخص­های تمایز ژنتیکی به ترتیب 022/0 و 049/0 به دست آمد، به­نحوی­که بالاترین و پایین­ترین میزان تمایز به ترتیب بین نمونه­های پرورشی کارگاه و خلیج گرگان و نمونه­های قره­سو و گمیشان مشاهده شد. بالاترین فاصله و پایین­ترین شباهت ژنتیکی نیز بین نمونه­های پرورشی سیجوال و خلیج گرگان مشاهده شد. با توجه به نتایج می­توان اذعان داشت که باوجود مسائلی همچون آلودگی، صید بی­رویه و همچنین بازسازی ذخایر از طریق رهاسازی لاروهای تولیدشده در کارگاه تکثیر، ماهی کلمه توانسته همچنان تنوع ژنتیکی خود را در سطح مطلوبی حفظ نماید. بااین‌وجود، کاهش اندک مشاهده‌شده در پارامترهای تنوع ژنتیکی در جمعیت­های موجود در کارگاه تکثیر را نمی­توان نادیده گرفت چراکه باگذشت زمان، احتمال بروز مسائلی همچون درون آمیزی و خلوص ژنتیکی وجود دارد.